Lewis Hamilton consiguió la pole position para el Gran Premio de Japón tras batir la mejor vuelta de Kimi Raikkonen en los momentos finales de la sesión de clasificación. Heikki Kovalainen y Fernando Alonso acabaron en tercer y cuarto lugar respectivamente.
A diferencia de esta mañana, cuando tras la lluvia caída a primera hora los entrenamientos libres tuvieron lugar sobre un trazado mojado, la clasificatoria se disputó sobre una pista casi seca y una temperatura ambiental de 22ºC.
La primera tanda produjo la primera sorpresa del fin de semana cuando Nick Heidfeld quedaba eliminado tras marcar el decimosexto mejor tiempo. Junto al piloto de BMW Sauber también quedaban fuera Rubens Barrichello, Jenson Button, Adrian Sutil y Giancarlo Fisichella.
El inicio de la segunda parte de la clasificatoria se hizo esperar hasta que Raikkonen salió con su Ferrari. El finlandés marcó el primer tiempo de referencia con 1'17"733 que poco después mejoraba su compañero de equipo, Massa, a 1'17"287 y que ya nadie podría medrar.
Con David Coulthard, Nelson Piquet Jr., Mark Webber, Kazuki Nakajima y Nico Rosberg eliminados dio comienzo la lucha por la pole position y por determinar el orden de los diez primeros lugares en la parrilla.
Raikkonen marcó el mejor tiempo en su primera vuelta rápida quedando por delante de Massa y Hamilton. Pero después del cambio de neumáticos y cuando todo parecía indicar que el vigente campeón del mundo se llevaría la pole, el actual líder del mundial mejoraba su crono en dos décimas de segundos.
Por detrás del cuarteto de cabeza quedaron: Massa, Robert Kubica, Jarno Trulli, Timo Glock, Sebastian Vettel y Sebastien Bourdais.